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1995年。
南アフリカの奥地、武装要塞国家「OUTER HEAVEN」―。
この国である殺戮兵器が開発されているという情報を得た特殊部隊FOXHOUND。
しかし「OUTER HEAVEN」に潜入した隊員のひとりであるグレイ・フォックスが無線である一言を残し、
消息を経ってしまった。
「メタルギア･･･」という言葉を残して･･･。
そこでFOXHOUNDの総司令官ビッグボスは、
新人隊員であるソリッド・スネークを「OUTER HEAVEN」に潜入させることにした。
スネークの任務、それはグレイ・フォックスの行方を追う事と「メタルギア」の正体を知る事。
一人戦場に向かったスネーク･･･
果たしてスネークは無事に任務を達成し、「OUTER HEAVEN」を脱出する事はできるのだろうか？
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時は1990年代後半。
「核の脅威の時代」の20世紀が終わりに近づき、
世界が安定した平和な21世紀が迎えようとしていた―。
しかし、中央アジアに独立武装要塞「ザンジバーランド」が誕生したことにより、
再び世界は核の脅威に怯えることになる。
「ザンジバーランド」は世界の廃棄用核兵器貯蔵庫を襲撃し、核武装することに成功。
さらには隣国に対して無差別侵攻を始めたのだ･･･。
1999年。
世界はエネルギー危機に直面していた。
そんな中、高純度の石油を精製するという微生物「OILIX」が発明される。
「OILIX」の発明により世界は再び緊張状態になり、
しかも「OILIX」を発明したキオ・マルフ博士が渡米中、「ザンジバーランド」に拉致されてしまう―。
「ザンジバーランド」は核兵器と「OILIX」によって軍事優位を得ようとしていたのだ。
そこで特殊部隊FOXHOUNDの司令官ロイ・キャンベルは、
「OUTER HEAVEN」陥落後、FOXHOUNDを引退したソリッド・スネークを呼び戻した。
ソリッド・スネークに与えられた任務は、
「ザンジバーランド」に潜入し、キオ・マルフ博士の救出すること。
潜入を開始したスネーク。
だが、スネークは再びあの人物と出会う事になる―。
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2005年。
特殊部隊FOX HOUNDが突如シャドーモセス島を占拠した。
彼らは「ビッグボスの息子達」と名乗り、“ビックボス”の遺体を要求。
さらに24時間以内に要求が受け入れられない場合、核を発射すると通告してきた。
この危機に元FOX HOUNDの隊員であったソリッド・スネークが呼び戻された。
そしてスネークに任務が下される。
“核兵器保存庫に単独潜入”
“人質であるDARPA局長とアームズテック社社長を救出すること”
スネークは独り戦場へと向かう―。
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シャドー・モセス島事件後。
リボルバー・オセロットの暗躍により、
メタルギアの技術情報がブラックマーケットに流出。
それにより多くの亜種が世界中に拡散した。
一方ソリッド・スネーク、オタコンは反メタルギア財団「フィランソロピー」設立。
世界中のメタルギアを破壊して回るが、テロリストとして国際指名手配されてしまう。
2007年。
ソリッド・スネークは、新型メタルギアが極秘裏に輸送されるという情報を掴む。
スネークは新型メタルギアの情報を入手するため、オタコンのサポートを受け、
ニューヨークのハドソン川を航行中の偽装タンカーへ潜入を開始した。
しかしそこに待ち受けていたものは―。
2009年4月29日。
スネークが潜入した偽装タンカーが沈没してから2年。
タンカーから流出した大量の油を処理する為、
マンハッタン沖に建設された海洋浄水施設ビッグ･シェル―。
そのビッグ･シェルが突如ある武装グループに占拠されてしまう。
その武装グループは「サンズ・オブ・リバティ」と名乗り、大統領らを人質にとった。
彼らはビッグ・シェルに大量の爆弾を設置し、政府に多額の現金を要求した。
この非常事態に政府は新生FOXHOUNDの出動を要請。
今回が初の実戦となる雷電はビック・シェルへの単独潜入任務を開始した。
そこで雷電はすでに何者かが潜入した形跡を見つける―。
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海洋プラント占拠事件から時をさかのぼること約50年―。
時は1960年代。
世界は東西にわかれ、核戦争勃発の危機にあった「冷戦」時代。
しかしその時代は同時にスパイが最も活躍したと言われている時代でもある―。
1962年10月、キューバ危機。
キューバーにソビエト連邦の核ミサイルが配備されたことにより、
アメリカ合衆国とソビエト連邦の関係はさらに悪化し、核戦争が現実のものとなろうとしていた。
だが、寸前でそれを回避する事ができた。
それはある密約のおかげである。
“西側に亡命した科学者ソコロフ博士をソビエト連邦へ返還”をさせること。
これに合意したアメリカ合衆国はソコロフを返還させ、
危機は回避できたかのように思えた。
1964年8月24日。
特殊部隊FOXの隊員ネイキッド・スネークはある任務を受け、ソビエト連邦のツェリノヤルスクへと潜入した。
ある特殊な核兵器を設計・開発した科学者ソコロフ博士が亡命を西側への亡命を希望した。
スネークの任務はそのソコロフの安全を確保し、西側へ奪還させることである。
これが彼に与えられた任務内容だ。
ソビエト連邦でソコロフが設計・開発していたモノ、それは「悪魔の兵器」であった。
もしこれが完成すれば、核戦争･･･いや世界の終末さえ現実のものとなってしまう。
それを回避をさせる為、CIAはソコロフの奪還を計画した。
潜入を開始したスネーク。
世界の運命はスネークに賭けられている。失敗は決して許されない･･･。
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1970年。
特殊部隊FOXが突如、軍の機密を盗み、ある半島を占拠した。
半島の名は「サンヒエロニモ半島」。
かつて所属していたFOXに拉致されたネイキッド・スネークは、留置場で目を覚ました。
そこにはFOXの捕虜尋問官カニンガムの姿が･･･。
カニンガムが問う。
「“賢者の遺産”の残りの半分はどこだ？」
反乱の首謀者として疑われているスネーク。
自らの潔白を証明する為、スネークは戦場で仲間を集め、
FOXの反乱鎮圧に乗り出した―。
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