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海洋プラント占拠事件から時をさかのぼること約40年―。
時は1960年代。
世界は東西にわかれ、核戦争勃発の危機にあった時代、
しかしその時代は同時にスパイが最も活躍したと言われている時代でもある―。
1964年9月24日。
特殊部隊FOXの隊員ネイキッド・スネークはある任務を受け、ソ連のツェリノヤルスクへと潜入した。
彼に与えられた任務内容はこうだ―。
ある特殊な核兵器を設計・開発した科学者ソコロフ博士が亡命を西側への亡命を希望した。
スネークはそのソコロフ博士の安全を確保し、西側へ奪還すること。
潜入を開始したスネークだがのちに驚愕の真実を知ることになる―。
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シャドー・モセス島事件後―。
リボルバー・オセロットの暗躍により、
メタルギアの技術情報がブラックマーケットに流出。
それにより多くの亜種が世界中に拡散した。
一方ソリッド・スネーク、オタコンは反メタルギア財団「フィランソロピー」設立。
世界中のメタルギアを破壊して回るが、テロリストとして国際指名手配されてしまう。
2007年。
ソリッド・スネークは、新型メタルギアが極秘裏に輸送されるという情報を掴む。
スネークは新型メタルギアの情報を入手するため、オタコンのサポートを受け、
ニューヨークのハドソン川を航行中の偽装タンカーへ潜入を開始した。
しかしそこに待ち受けていたものは―。
2009年4月29日。
スネークが潜入した偽装タンカーが沈没してから2年。
タンカーから流出した大量の油を処理する為、
マンハッタン沖に建設された海洋浄水施設ビッグ･シェル―。
そのビッグ･シェルが突如ある武装グループに占拠されてしまう。
その武装グループは「サンズ・オブ・リバティ」と名乗り、大統領らを人質にとった。
彼らはビッグ・シェルに大量の爆弾を設置し、政府に多額の現金を要求した。
この非常事態に政府は新生FOXHOUNDの出動を要請。
今回が初の実戦となる雷電はビック・シェルへの単独潜入任務を開始した。
そこで雷電はすでに何者かが潜入した形跡を見つける―。
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2005年。
特殊部隊FOX HOUNDが突如シャドーモセス島を占拠した。
彼らは「ビッグボスの息子達」と名乗り、“ビックボス”の遺体を要求。
さらに24時間以内に要求が受け入れられない場合、核を発射すると通告してきた。
この危機に元FOX HOUNDの隊員であったソリッド・スネークが呼び戻された。
そしてスネークに任務が下される。
“核兵器保存庫に単独潜入”
“人質であるDARPA局長とアームズテック社社長を救出すること”
スネークは再び独り戦場へと向かう―。
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